En sus zonas nativas recibe diferentes denominaciones en español como jaguar, yaguar, yaguareté,N 1 otorongo, jaguarete,tigre o tigre americano. Los mexicas lo llamaban ocelotl, aunque también utilizaban este nombre para el ocelote (Leopardus pardalis), y podrían referirse a él como tlatlauhquiocélotl.9 10 11 En gran parte de Hispanoamérica desde la llegada de los españoles es común llamar a este animal «tigre» aunque es remoto el parecido con el tigre asiático (Panthera tigris) del cual procede el apelativo. En las zonas de países de habla castellana que están próximas a la frontera con Brasil, se emplea también la denominación brasileña en portugués: onça-pintada. En cuanto a las lenguas indígenas americanas, en maya se le llamabalam,12 en mapuche es llamado nawel,13 en quechua uturunku o unqa y en bribri namú.14

Yaguar y yaguareté provienen del guaraní yaguar, 'fiera', y eté, 'verdadero', y probablemente llegó al español por conducto delportugués o del francés, lo cual explica la desvirtuación hacia la forma con j: jaguar. También puede ser por el hecho de que en guaraní la -j se pronuncia como la -y.15 El origen del nombre se ha supuesto como procedente de yaguá-eté, que significaría «fiera de verdad» o «auténtica fiera»; en efecto, antes de 1492 los guaraníes utilizaban la palabra yaguá para referirse a los distintos carnívoros o «fieras», pero ante la presencia de los feroces perros de combate traídos por los europeos el término guaraní yaguá pasó a significar sólo 'perro' (actualmente se aplica este término en guaraní a cualquier perro),16 mientras quePanthera onca era el yaguá-eté, es decir: la fiera o animal feroz por antonomasia, siendo la más peligrosa de todas las que los integrantes de esa etnia conocían y a quien más temían. De allí surgió la denominación yaguareté, usada especialmente en los países del área guaranítica: Argentina y Paraguay, y de modo abreviado, yaguar, o por error en la pronunciación sobre textos no en castellano: jaguar con «j».

El primer componente de su designación taxonómica, Panthera, es un término latino derivado a su vez de la palabra griega πάνθηρ (leopardo, la especie tipo del género). Se ha dicho que esta palabra deriva de παν- «todo» y θήρ «bestia», aunque podría ser una etimología popular17 o que tuviera su origen en pundarikam (literalmente «animal amarillento»), la palabra sánscrita para «tigre».18

Onca proviene del portugués onça, con la cedilla sustituida por razones tipográficas, aunque en España se usa más habitualmente para la onza o leopardo de las nieves (Panthera uncia) y en Latinoamérica para el gato onza u ocelote. Deriva del latín lyncis, lince,19 que perdió la letra «L» al confundirse con el artículo definido (italiano lonza,francés antiguo l'once).20