Fue creado el 1 de enero de 1988 y llamado Parque Nacional Punta Sal, posteriormente se renombró a Parque Nacional Jeanette Kawas en honor a Blanca Jeanette Kawas, quien fue una de las principales activistas del medio ambiente en Honduras, y directora de PROLANSATE, que fue asesinada el 6 de febrero de 1995 por sus esfuerzos de proteger el parque contra las plantaciones de palma en la región. El mes siguiente, el 28 de marzo de 1995, el parque fue incluido en la Lista de Humedales de Importancia Internacional (Ramsar).