El país principalmente es montañoso con planicies costeras estrechas y algunos valles en el interior. Mucha de la tierra está por encima del 30% de pendiente con baja fertilidad de los suelos y con lluvias inconstantes. Más del 90% del país es oficialmente categorizado como no apto para la agricultura es más bien de vocación forestal. El clima subtropical del país en combinación con un amplio rango de variaciones en humedad provee las condiciones favorables de hábitat para una alta diversidad de flora y fauna.
El área del Corredor Biológico Mesoamericano en la sección hondureña es irregular y está caracterizada por tres amplias clasificaciones: las planicies costeras (menos de 150 metros sobre el nivel del mar), áreas de tierras altas (150-600 metros sobre el nivel del mar) y las tierras altas montañosas (mas de 600 metros sobre el nivel del mar). La topografía de la planicie costera es plana o ligeramente ondulado con suaves pendientes. El área contiene mangles, lagunas de agua dulce, vegetación costera y bosques pantanosos (periódica o permanentemente inundados con agua dulce). Muchas de estas áreas están cubiertas con pinos (Pinus caribaea), sabanas de palma y bosque húmedo tropical con especies como anona, aceituno, aguacatillo, álamo, brosimun, barillo, caimito, caoba, cedro, carao, genipa, chicle, granadillo, jobo, lagarto, maria, paleto, pilón, mora, selillon, virola, zapote etc. Además existen humedales permanentes y manglares a lo largo de numerosos criques y lagunas que caracterizan la costa caribeña. Información completa de la flora hondureña puede ser consultada en Manual de Dendrología del Bosque Latifoliado de Souane Thirakul y José Luis Montesinos.
Las temperaturas varían de acuerdo a la elevación. Las tierras costeras con menos de 500 metros sobre el nivel del mar tienen un promedio anual de 24 grados centígrados mientras las montañas entre 500 y 2000 metros sobre el nivel del mar varían desde 16 a 24 grados centígrados. Las zonas arriba de los 2000 metros sobre le nivel del mar tienen un promedio anual de temperatura de 15 grados centígrados. La influencia del mar, la topografía abrupta y los diferentes tipos de suelos han dado como resultado una amplia variedad de ecosistemas.
Como resultado, Honduras posee una rica diversidad biológica que, excepto por algunas sabanas de pino, que originalmente fueron casi cubiertas por algunos tipos de bosques densos, variando desde bosques secos en la vertiente del Pacífico hasta bosques lluviosos en la vertiente del Atlántico. El país contiene una gran proporción de cinco ecorregiones terrestres, como se definió en un reciente estudio del Banco Mundial/Fondo Mundial para la Naturaleza de las ecorregiones terrestres de América Latina y el Caribe. Las ecorregiones incluyen: los bosques secos del Pacifico de Centro América, los bosque de pino y roble de Centro América, bosque montañosos de zonas altas de Centro América, bosque húmedos de la región Atlàntica de Centro América y los bosques de pino de la Mosquitia en el este. Los bosques de pino y roble y los bosques de montaña tienen una compleja y discontinua distribución, lo cual sugiere patrones altos de endemismo, hasta hoy muy poco estudiados. Ambas costas de Honduras son también caracterizadas por la presencia de manglares y ecosistemas de áreas húmedas y los arrecifes de coral que son los segundos en tamaño e importancia en Centro América después de los de Belice.
Estos ecosistemas complejos sostienen una amplia variedad de plantas y animales. En estas áreas existen animales como: jaguar, venado cola blanca, ocelote, mono cara blanca, yaguarundis, mono araña, mono aullador, tigrillo, puma, danto, zorro, coyote, nutria, manatí, guatuza etc. Adicionalmente mas de 375 especies de aves y cerca de 200 especies de anfibios y reptiles existen en esas áreas. Muchas de esas especies son consideradas raras, amenazadas y en peligro de extinción tales como el águila arpía, jaguar y tapir, etc. Sin embargo se conoce muy poco acerca de la ecología y de los recursos de la zona. En un estudio rápido en 1980, 6% de las plantas inventariadas fueron nuevas para la flora hondureña. Los estudios detallados de fauna son escasos, pero la información disponible indica que la región es extremadamente interesante faunisticamente. Información completa de la fauna hondureña puede ser consultada en Guía de campo de los Mamíferos de Honduras de Leonel Marineros y Francisco Martínez Gallegos.
De igual importancia para la diversidad de hábitat es el hecho que Honduras representa una importante unión en la transición entre plantas y animales de los reinos neolítico y neotropical. El bosque húmedo tropical de las tierras bajas de Centro América es restringido y discontinuo en el norte y este de Honduras y forma el primer filtro natural de la expansión septentrional de la biota del bosque pluvial al norte de Panamá.
Aunado a lo anterior, existe el hecho de que en Honduras existen 7 grupos étnicos, muchos de los cuales conservan aun intactas sus costumbres y tradiciones. Entre los grupos podemos mencionar, los Pech ubicados en el sector oriental del país en los departamentos de Colón y Olancho; Tawahkas, ubicados a orillas del Río Patuca en el Departamento de Olancho y Gracias a Dios. Son el grupo más remoto y existen actualmente alrededor de 900 habitantes. Misquitos, que habitan en el departamento de Gracias a Dios, ellos hablan misquito y están bien organizados en federaciones y su población es alrededor de 50,000 habitantes; los Garífunas habitan a lo largo de la Costa Caribeña, hasta Cabo Camarón en Plaplaya, departamento de Colón. Los Garífunas, de descendencia africana e indígena, suman cerca de 100,000 habitantes, ellos poseen una clara identidad cultural y lingüística; los Lencas viven principalmente en el occidente del país en los departamentos de Lempira, parte de Ocotepeque, Intibucá y La Paz. Son un grupo bastante numeroso, pero han perdido prácticamente su lengua y están fuertemente influenciados por ladinos; Los Chortés habitan el occidente del país en la parte norte del departamento de Copan y Ocotepeque. Al igual que los Lencas, los Chortís están fuertemente intervenidos por culturas ladinas. Los Tolupanes, viven en el departamento de Yoro y Francisco Morazán. Son un grupo que conservan su propia lengua, costumbres y tradiciones
