El país principalmente es montañoso con planicies costeras estrechas y algunos valles en el interior. Mucha de la tierra está por encima del 30% de pendiente con baja fertilidad de los suelos y con lluvias inconstantes. Más del 90% del país es oficialmente categorizado como no apto para la agricultura es más bien de vocación forestal. El clima subtropical del país en combinación con un amplio rango de variaciones en humedad provee las condiciones favorables de hábitat para una alta diversidad de flora y fauna.

El área del Corredor Biológico Mesoamericano en la sección hondureña es irregular y está caracterizada por tres amplias clasificaciones: las planicies costeras (menos de 150 metros sobre el nivel del mar), áreas de tierras altas (150-600 metros sobre el nivel del mar) y las tierras altas montañosas (mas de 600 metros sobre el nivel del mar). La topografía de la planicie costera es plana o ligeramente ondulado con suaves pendientes. El área contiene mangles, lagunas de agua dulce, vegetación costera y bosques pantanosos (periódica o permanentemente inundados con agua dulce). Muchas de estas áreas están cubiertas con pinos (Pinus caribaea), sabanas de palma y bosque húmedo tropical con especies como anona, aceituno, aguacatillo, álamo, brosimun, barillo, caimito, caoba, cedro, carao, genipa, chicle, granadillo, jobo, lagarto, maria, paleto, pilón, mora, selillon, virola, zapote etc. Además existen humedales permanentes y manglares a lo largo de numerosos criques y lagunas que caracterizan la costa caribeña. Información completa de la flora hondureña puede ser consultada en Manual de Dendrología del Bosque Latifoliado de Souane Thirakul y José Luis Montesinos.

Las temperaturas varían de acuerdo a la elevación. Las tierras costeras con menos de 500 metros sobre el nivel del mar tienen un promedio anual de 24 grados centígrados mientras las montañas entre 500 y 2000 metros sobre el nivel del mar varían desde 16 a 24 grados centígrados. Las zonas arriba de los 2000 metros sobre le nivel del mar tienen un promedio anual de temperatura de 15 grados centígrados. La influencia del mar, la topografía abrupta y los diferentes tipos de suelos han dado como resultado una amplia variedad de ecosistemas.

Como resultado, Honduras posee una rica diversidad biológica que, excepto por algunas sabanas de pino, que originalmente fueron casi cubiertas por algunos tipos de bosques densos, variando desde bosques secos en la vertiente del Pacífico hasta bosques lluviosos en la vertiente del Atlántico. El país contiene una gran proporción de cinco ecorregiones terrestres, como se definió en un reciente estudio del Banco Mundial/Fondo Mundial para la Naturaleza de las ecorregiones terrestres de América Latina y el Caribe. Las ecorregiones incluyen: los bosques secos del Pacifico de Centro América, los bosque de pino y roble de Centro América, bosque montañosos de zonas altas de Centro América, bosque húmedos de la región Atlàntica de Centro América y los bosques de pino de la Mosquitia en el este. Los bosques de pino y roble y los bosques de montaña tienen una compleja y discontinua distribución, lo cual sugiere patrones altos de endemismo, hasta hoy muy poco estudiados. Ambas costas de Honduras son también caracterizadas por la presencia de manglares y ecosistemas de áreas húmedas y los arrecifes de coral que son los segundos en tamaño e importancia en Centro América después de los de Belice.


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