El  Sistema de Humedales de Santa Elena es el área de humedal más extenso de la Isla de Roatan, Islas de la Bahía, Honduras (Lebigre, 2012:43), con una área total de 1,542.06 Ha constituidas en su mayor extensión por un humedal arbolado y un humedal marino. Los ecosistemas de importancia internacional que se destacan en este humedal son el manglar, el arrecife y las praderas de pasto marino.
 
Está ubicado en el extremo Este de la Isla de Roatan entre el sector de Old Port Royal y la isla de Santa Elena en el municipio de Santos Guardiola.
 
Entre la vegetación asociada al humedal arbolado se encuentran los manglares, constituidos por 420.83 hectáreas de manglar continuo, seguido por camas de fanerógamas marinas en una laguna arrecifal que termina en los arrecifes coralinos que forman parte del Arrecife Mesoamericano, la segunda barrera arrecifal más larga del mundo. Debido a su extensión y buena preservación, el manglar del sitio constituye un área importante para el descanso, alimentación y anidamiento de varias especies de aves residentes y migratorias (PMAIB, 2002:107). Además, funciona como una barrera de protección ambiental ante los eventos naturales del clima.
 
El arrecife y las praderas de pasto marino que componen el humedal marino (1,121.23 ha) alojan una gran variedad de fauna marina de interés regional e internacional que aportan sustento a las comunidades locales artesanales. La zona arrecifal está compuesta en su mayoría de unidades geomorfológicas de mesetas de arrecife de bordo con acumulaciones detríticas (579.83 ha) y con macizos coralinos dispersos (54.07 ha), y de pendiente externa con contrafuertes y valles (142.99 ha) y con salientes y surcos (78.48 ha). Esta zona arrecifal y el pasto marino funcionan como criadero y zona de forraje importante para especies marinas y otra fauna asociada como tortugas marinas, delfines y tiburones que se encuentran con frecuencia en el sitio (PMAIB, 2002:107).
 
Este humedal está en buen estado de preservación y es de gran valor ecológico, social, recreacional y económico para las Islas de la Bahía. Se encuentra amparado bajo la Ley de Áreas Protegidas de Islas de la Bahía dentro de la Zona Especial Marina como subzonificación de Zona de Protección Especial Marina dentro del Parque Nacional Marino de Islas de la Bahía. Es manejado mediante el Plan de Manejo que es administrado por el Comité de Comanejo compuesto por entidades gubernamentales y no gubernamentales que ejercen dentro de las Islas de la Bahía.

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